Drupal のマルチサイト構成で、(サブドメインではなく) サブディレクトリを別サイトとして構成する場合、そのサブディレクトリへのリクエストをサイトのルートに転送させる必要があるので、通常、次のいずれかの設定を行う。

• httpd.conf の Alias ディレクティブで、サブディレクトリをルートディレクトリの別名として設定する
• ファイルシステム上でサブディレクトリ名からルートディレクトリにシンボリックリンクを張る

これを忘れると、404 エラーになる (サブディレクトリの実体がなければ)。

参考：
http://drupal.org/node/68938